Snakemake — правило загрузки данных

У меня возникли проблемы с реализацией конвейера, в котором первым шагом является загрузка данных с некоторого сервера. Насколько я понимаю, все правила должны иметь входные данные, которые являются файлами. Однако в моем случае «ввод» — это строка идентификатора, переданная сценарию, который обращается к серверу и загружает данные.
Мне известно о удаленные файлы в snakemake, но сервер, с которого я загружаю (ENA) отсутствует в этом списке. Более того, я использую сценарий, который вызывает aspera, чтобы улучшить скорость загрузки.
Есть идеи, как такой сценарий может быть реализован в snakemake?

См. также:  Скачать все ссылки с любой страницы
Понравилась статья? Поделиться с друзьями:
IT Шеф
Комментарии: 1
  1. soungalo

    Правила на самом деле не нуждаются в поле ввода, поэтому возможно следующее:

    rule download:
        output:
            "downloads/{sample}.fa"
        shell:
            "ascp ftp:/url_here+{wildcards.sample}"
    
Добавить комментарий

;-) :| :x :twisted: :smile: :shock: :sad: :roll: :razz: :oops: :o :mrgreen: :lol: :idea: :grin: :evil: :cry: :cool: :arrow: :???: :?: :!: